從密法的角度講，母光明和子光明，母光明是原有的智慧，就是自然智慧，也就是如來藏，永遠都是存在的。顯宗第三轉法輪當中有些很深的經典也叫自然本智，也叫做滅定，實際上是我們心的本性。子光明是我們現在的證悟，凡夫人證悟空性的境界叫做子光明，還有菩薩的證悟境界，都叫做子光明。這個時候，母子還可以分開的，還是有分別的。到了成佛的時候，叫做母子結合，融入一體，那個時候母和子就沒有分別了。這個時候就只有原來的自然本智，心的光明，只有一個心的本性光明，其他的都不存在了。
也可以這樣說，自然本智它是一個一直都存在的基礎，我們從無始以來從如來藏當中迷惑了，迷惑的時候，它從這個基礎上產生了一種分別念。從無始以來到現在，我們（礦石）從來都沒有去加工，它永遠都是這種狀態。自從學佛了，認識到心的本性，開始修行的時候，我們就開始加工了，最後它還是融入一體。
如來藏就是平面的線，永遠都是存在的。我們的念頭，還沒有證悟的時候，是從平線上面冒出來的，是礦石，還不是智慧。通過加工，慢慢到了一地，到了加行道，開始慢慢變成智慧，最後融入平線。它是從平線上冒出的一個念頭，最後又變成空性。識和智的差別就是這樣。
如來藏永遠沒有任何動搖，一直都是一根平線，然後冒出了第一個念頭，就出現了我們整個的輪回，通過修行，把它轉換為智慧，但是它還不是自然本智。修行的時候，逐漸逐漸地靠近如來藏。最後成佛的時候，這個智慧完全融入如來藏，完全融入自然本智，這個時候，自然本智跟這兩個沒有任何差別，無二無別。這叫做“母子光明的雙運”，密法裏面就是用這樣的字來表達。
實際上這個就是，如來藏是永遠的存在的，它不會有任何動搖，哪怕我們在墮地獄的時候，地獄眾生的心也是光明的；到了十地菩薩的時候，他的心的本性也是光明的，永遠都沒有任何的動搖。因為我們積了福報以後，它會不會增長呢？不會的。因為我們造了罪業以後，它會不會減少呢？也不會的。它沒有增減，沒有生滅，它永遠都是這樣子，這個叫自然本智。然後念頭，這個當中產生了一個輪回，經過加工了以後轉換為智慧，這個智慧逐漸地靠近自然本智，最後跟自然本智成為一體的時候，這個叫做成佛。從此以後，就沒有這樣子的差別，沒有分別，也沒有母子光明的差別，也沒有四諦當中的道和滅的差別。「智」就是這樣子。
證悟了以後，我們還有很長的時間要去修行。比如我們現在證悟了大圓滿或者證悟了禪宗的境界，明心見性。但是還不是真正的智慧，只是一個相似的智慧，跟這個「智」比較接近的識，它跟這個自然光明還是有一定的距離，通過修行它就慢慢地靠近自然本智。一地菩薩的子光明跟母光明還是有很大的差別，凡夫人就不用說了。十地菩薩的（子光明跟母光明）還是有差別，但是已經不明顯了。佛就是完全沒有差別了。這個叫做智。
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