一、精氣神藥物
自《心印經》開“上藥三品，神與氣精”之說以下，丹經累稱精氣神三品藥物。然而覽觀丹經，我們發現問題並非如此簡單。關於藥物，沿用《心印經》的習慣，丹經大致有一品、二品和三品說。
一品藥物說，是認為只有先天真一之氣，也即真鉛，才是丹道修煉唯一的藥物，餘皆非真。安爐立鼎，團搏烏兔，采藥成丹，溫養脫胎，是這一系丹法的一貫框架。
二品藥物說，是指以真陰、真陽作為藥物的修煉理論。二品藥物說最為著名的一個子類，就是神氣藥物說。此說創自白玉蟾，以身中之氣和心中之神為藥物，神氣相守，玄關竅開，金丹自成。
一品說在系統上屬於二品說，其重要性卻要高於二品說，原因是一品說凸顯了丹道重生之道的獨有特點但以玄關一竅、神氣相守、凝神氣穴為核心的二品說，則是丹道修煉的主流，其影響遠非一品說能匹。而三品藥物說，則完全是另一理論體系。
三品藥物說，實際就是精氣神藥物說。精氣神學說自先秦創立以來，在兩漢時期被廣為應用，最為成功的莫過於《黃帝內經》。內經的精氣神學說體系完備，與其整個醫學理論緊密融合，建樹頗高。《太平經》主要關注元氣論，對精氣神學說也有所論述，但不及內經精深。稍後《黃庭經》上清一系也比較重視精氣神，不過除了存神的特色之外，與內經所論區別不大。精氣神說真正與丹道結合在一起，是晚唐以後的事。
唐末五代，丹道由外丹轉向內丹，修煉理論亟需改革發展。以玄真崔希範、《心印經》為首的丹家，力圖在禪宗影響之外找到適合自身需要的理論來源。他們選擇了內經的精氣神理論來闡釋丹理。這無疑是對內丹發展的重要貢獻，對後世丹家啟發良多，余惠千年不絕。但是，這只是個開端。
真正使丹道精氣神藥物說發生質的飛躍的，是紫清白玉蟾。白玉蟾是新丹道的集大成者，他顯然意識到，次前丹家所說的精氣神，無法與醫家說的精氣神分別開來。因此，他將精氣神區分為兩個層次，一是普通的精、氣、神，一是元精、元氣、元神，後者才是丹道修煉的內容。就白玉蟾所論，元精、元氣、元神實質上是同一物事，稱元主要是為了提示其超越性。由於白玉蟾與于康節先天易學素有研究的朱晦庵頗有交往，受朱子啟發，白玉蟾提出了先天氣、後天氣的說法。完整的先後天精氣神術語，則是在白玉蟾之後出現的。
二、精氣神修煉
精氣神說在丹道的另一主要應用，就是對丹道功程的表述。這一做法也是始于白玉蟾。白于蟾將傳統的煉形化氣改造成為煉精化氣，完成了精氣神理論與丹道修煉在藥物和修煉體系兩個層次上的最終結合，儘管他並未有意識地用精氣神的煉化來清晰的論述丹道功程。到後世的一些丹經、丹家，則將煉精化氣、煉氣化神、煉神還虛解釋為整個丹道修煉的過程，稱之為三關修煉，並引入了先後天的概念，這種理解和做法是完全錯誤的。將丹程簡略地概括為初關、中關、上關三關修煉，本來也可以算作一個簡明的框架。不涉及先天、後天的精氣神煉化也還具有很大的靈活性。但把三關修煉、先後天和煉精化氣、煉氣化神、煉神還虛結合在一起，事情就不那麼簡單了。
要使這種三關精氣神修煉理論成立，我們必須解釋清楚六個範疇：後天精、先天精、後天氣、先天氣、後天神、先天神，並處理好六者之間的關係。然而這是很困難的，我們試已伍沖虛《內煉金丹心法》為例證明。
《內煉金丹心法》一先後二天論：“夫神與精也，只用先天，忌用後天。先天是元神元精，是有神通、有變化之物也。後天者，是思慮神、交感精，無神通、無變化之物也。而氣則不能無先後天之二用，以為長生超劫運之本。氣曰二者，先天炁及後天氣。分二體，而二其用也。先天是元炁，後天是呼吸之氣。亦謂之母氣與子氣也。超劫運之本乃元炁，不能自超，必用呼吸以成其能。故曰有先天，不得後天，無以採取烹煉而為本；有後天，不得先天，無以證實地長生、轉神入定之功。必兼用二氣，方為長生超劫運之本。”
上述論說取先天精氣神和後天氣，卻排斥後天精神。可是，同為後天，為什麼厚氣而薄精神？如果只取後天氣，則在後天這個層次上，不是完整的精氣神框架。如果取先天精氣神而加後天氣，則在先天這個層次上，超出了精氣神的框架。由此我們可以看到，要建立圓融的丹道精氣神理論，殊非易事。當然，要說明一下，伍真人可能也並不想建立完備的精氣神理論，因此他並不著意於這些缺陷。實際上，通過《內煉金丹心法》、《天仙正理大全》等丹經，大家可以瞭解伍沖虛實際是屬於神氣藥物論一系的丹家，主張凝神聚氣。
除了先後天精氣神之間的關係，我們還要處理六者與初、中、上三關的關係。因為初、中、下是一個自下而上的線路，則煉精化氣、煉氣化神、煉神還虛也應是一個由下而上的過程，但真是這樣嗎？精氣神之間的煉化就沒有平行的階段嗎？另外，初關煉精化氣煉的是先天精還是後天精？煉精的時候氣在哪里神在哪里？如此等等這些都是很複雜的問題。
因而，在丹道修習中，我們並不提倡不家辨析地大講精氣神，人云亦云。但由於使用了醫學上常用概念，丹道精氣神學說被不少人，特別是對丹道不熟悉的人所看重，以為淺顯易懂，並盲目加以宣揚，很有點氾濫的趨勢。在現在的書籍文獻中，幾乎是一提到道教內丹，就將其解釋以煉精化氣、煉氣化神、煉神還虛，而于丹道法象天地，造化陰陽的的旨，反而罕有述及。這是一種非常糟糕的現象，希望有志於丹道的朋友，對此要有清醒的認識。
歷代丹家，真正嚴格在其理論中使用三品藥物說和精氣神三關修煉說的，實際非常少見。當然，我們也並非要絕對否定精氣神說在丹道中的應用。作為幾經歷代丹家錘煉的丹道精氣神學說，有其特有的地位。但我們應該認識到其存在的缺陷，進而發展出更為完善的理論，這是我們應該做的。目前，不少朋友也對精氣神說表現出極大的興趣，並試圖提出自己的建議，這是很好的現象，但一定要有對丹道充分的認識，以及正確的導向作基礎，才能有好的結果
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